艾比欧义研究
我们做的模型，
大部分是公开的
团队在过去三十年参与制定了细胞机理建模领域的多项标准，相关工具与模型以开源方式维护，供全球研究者使用。
开源工具与模型
在 GitHub 上持续维护
01
RAVEN Toolbox
基因组尺度代谢模型的重建、校正与分析工具箱。从注释基因组自动组装代谢网络的通用流程。
MATLAB
02
GECKO
把酶容量约束引入代谢模型的框架，用实测蛋白组收敛解空间。Python 版本 geckopy 同步维护。
酶约束
03
yeast-GEM
酿酒酵母的社区共识代谢模型，从 Yeast8 迭代至 Yeast9，是细胞工厂研究的事实标准。
共识模型
04
Human-GEM
人体通用基因组尺度代谢模型（Human1），目前全球引用最多、质量最高的人体细胞代谢模型。
人体底座
以上仓库由 Chalmers 系统与合成生物学团队维护，我们的联合创始人兼 CTO 与首席科学家是其核心作者。
代表性成果
团队发表
2024
Molecular Systems Biology
论文 · FEATURED
2019
Nature Communications 10, 3586
论文 · FEATURED
领域参考
我们据以判断技术路线的外部工作
以下不是我们的成果，但直接影响了我们对细胞世界模型技术路线的判断。
2026
Evaluating the role of pretraining dataset size and diversity on single-cell foundation model performance
DenAdel et al., Nature Methods 23, 1447–1457
RNA 模型饱和
2026
Universal cell embedding provides a foundation model for cell biology
Nature
通用细胞表征
2020
Mapping the Space of Chemical Reactions Using Attention-Based Neural Networks
Nature Machine Intelligence
化学反应表征
在 2,220 万细胞语料、400 个模型、6,400 组实验的系统性评测中，现有 scRNA 基础模型在使用约 1% 预训练数据时即达到性能饱和；把 250 万以上基因组级扰动细胞掺入语料，下游性能没有提升。这是我们坚持以机理模型为底座的直接原因。